馬英九基金會邀請中國大陸7所大學師生訪問團在去年的11月27日抵台訪問9天，其中復旦大學學生在台中洲際棒球場參加棒球體驗營時接受媒體訪問，脫口祝賀「中國台北隊」奪得世界棒球12強賽冠軍，還用到「祖國」一詞，用詞引發矮化台灣等爭議。當時陸委會深表遺憾，並強調「後續也會依照既有的機制進一步做行政方面的處分」，而主管機關之一的移民署今（10）日下午將約談馬英九本人,會前馬英九受訪指女學生並無貶抑惡意；內政部表示，將會相關機關依規處理。
陸委會主委邱垂正去年針對此事表示，這次馬英九的陸生團到台灣引起了一些事件。陸委會原本是推動對等、尊嚴、健康、有序的兩岸交流，在相互尊重、充分交流之下，希望能夠讓兩岸關係注入一些善意，但是對這個事情陸委會非常遺憾。
當時邱垂正指出，馬英九邀請的陸生訪問團涉及違反大陸人士來台的許可辦法，以及馬英九基金會在此團行前就有書面聲明內容，沒有按照書面內容來遵守，「我們會邀請相關的主管機關依照許可辦法還有既有的行政程序，來進一步就我們收集到的資訊來加以處理。」
對此，馬英九辦公室今下午表示，馬英九親赴移民署說明2024年大陸高校師生團來台有無違反「大陸地區人民進入台灣地區許可辦法」相關規定。而馬英九也說，親自出席內政部移民署以及行政院陸委會要求馬英九基金會說明的會議，就是希望藉此向賴清德總統的政府呼籲，不要用政治力量和行政手段，阻斷兩岸青年交流珍貴機會，對兩岸和平穩定不利，也不符合民眾利益。
馬英九說，2024年12月1日，來台訪問的大陸上海復旦大學二年級的宋思瑤同學在接受台灣媒體訪問時，恭喜我們中華隊當時拿到棒球世界冠軍，她脫口說出的「中國台北」隊，是大陸地區普遍的用語，相信絕大多數的台灣民眾都會相信當時她並沒有貶抑台灣的惡意，而且是真心恭喜我們的棒球隊獲得世界冠軍。
馬英九相信，賴清德總統也一定不會和一位20歲的大陸女同學錙銖必較，因此希望賴政府能高抬貴手，不要處分馬英九基金會，否則將會產生不必要的「寒蟬效應」，讓其他台灣民間單位更加不敢邀請大陸的團體來台，這樣會嚴重影響兩岸民間交流，對台灣並無好處。
內政部今天透過新聞訊息說明，有關馬英九基金會邀請中國大陸師生於去年11月27日至12月5日訪台，團員宋思瑤於行程中發表「中國台北隊」及「希望台灣同胞能繼續一起為祖國努力」等言論，引發社會爭議一事，內政部已依「行政程序法」相關規定，函請馬英九基金會陳述意見。
同時，馬英九基金會除以書面回覆意見外，另要求到場說明。
內政部表示，馬英九及基金會執行長蕭旭岑已於今天到內政部移民署說明，後續內政部將會同相關機關依規定處理。
內政部表示，兩岸交流活動應秉持相互尊重、對等尊嚴原則，以維護兩岸健康有序交流，勿有矮化我方之行為或用語，邀請單位及中國大陸人士均應遵守相關規定及遵行交流本意。
馬英九下午親赴內政部移民署說明，他會前受訪表示，是因去年邀請陸生來台訪問，移民署和行政院大陸委員會要求馬英九基金會說明，所以自己今天親自出席會議。
