首任終審法院首席法官李國能認為，全國人大常委會法制工作委員會在「港區國安法草案」的說明中，提到行政長官指定若干法官審理涉及國家安全的案件，以及中央機構可行使管轄權，會損害香港的司法獨立。
李國能就「港區國安法」草案說明，在報章發表聲明，表示至今仍未公布草案屬於不幸，但值得留意的是，有關說明表示，會跟隨香港的法律原則，包括無罪假設，亦沒有建議法例附設追溯力。
他表示，說明中訂明，特首有權指定法官審理涉及危害國家安全的案件，將損害司法獨立。在《基本法》下，法官是經由特首按照司法人員推薦委員會的推薦來委任，推薦基礎是法官的專業才能，法官會獨立地行使司法權力，不受任何干預。
李國能認為，司法機構獨立於行政機關，應由獨立的司法機構決定審理有關案件的法官，不受行政機關的干預。行政長官欠缺挑選法官所需的經驗和專長，作為將在香港成立的維護國家安全委員會主席，行政長官不適宜挑選特定法官。他認為，行政長官挑選法官時，至少要依照首席法官或司法人員推薦委員會的建議，確保人選符合專業及獨立的基礎。
他又說，說明提及在特定情況下，駐港國家機關對涉及國安案件可行使管轄權，這點引起極大的關注。他認為，當中央行使管轄權時，有關案件會在內地處理及審理，被告將不能享有本港司法程序的保障。雖然有關管轄權只會在最例外的情況下行使，但仍會破壞香港法院在《基本法》授權行使的獨立司法權力。