中方除了暂停美国军舰军机停靠香港之外，也对一些非政府组织展开制裁。这些非政府组织包括”美国国家民主基金会”、”美国国际事务民主协会”、”美国国际共和研究所”、”人权观察”、”自由之家”等。外交部发言人华春莹称，这些非政府组织”在香港修例风波中表现恶劣”，因此要针对其实施制裁。
华春莹还进一步解释说，”大量事实和证据表明，有关非政府组织通过各种方式支持反中乱港分子，极力教唆他们从事极端暴力犯罪行为，煽动’港独’分裂活动，对当前香港乱局负有重大责任……必须付出应有代价。”
五角大楼对此表态
几个小时之后，美国五角大楼发言人伊斯特伯恩中校（Dave Eastburn）在一份书面声明中说，“在香港港口以及在全球各地的港口停靠，显示我们水兵享有的自由，也是我们与东道主国家之间扩大人对人交往的有效项目。”
声明继续写道，“我们对不断的抗议行动表示遗憾，我们谴责不合理使用暴力的做法，呼吁各方在动用暴力是保持克制，并致力于建设性对话。” 另外，美国国防部一名官员透露，中国的做法对美国的军事行动不造成任何影响。
同一天，美国国务院一位不愿透露姓名的官员向路透社表示，回顾过去，我们曾有过很长一段时间得以顺利访问香港，我们希望它能够继续下去。但他也说，“指责美国的非政府组织的工作为外来干预是错误的，它的意图是引开香港人的合理关切。”
遭到制裁的这几家NGO，除了明确表示不接受政府资金的”人权观察”，其余几家机构的运营都高度依赖美国政府或国会的拨款。
华春莹还在12月2日的新闻发布会上表示，”中国敦促美国纠正错误，停止任何插手香港事务、干涉中国内政的言行，中国将根据形势发展采取进一步必要行动，坚定捍卫香港稳定繁荣，坚定捍卫国家主权、安全、发展利益。”
不过，中方并没有具体指出究竟会出台怎样的制裁措施。
人权观察：中方的指控毫无根据
人权观察中国部研究员王亚秋在接受德国之声采访时表示，中国外交部针对该组织的指控“完全没有根据”。她表示，人权观察不接受来自任何政府的资金，从未支持暴力，从未教唆他人暴力犯罪，也从未支持过香港独立。
王亚秋表示，目前尚不清楚中方制裁的具体内容。她呼吁中国政府，“把精力放在尊重和回应香港人民的诉求上，而不是攻击捍卫人权的组织”。
11月27日夜间，美国总统特朗普签署《香港人权与民主法案》后，中国方面已经在第一时间表示”坚决反对”和”极度遗憾”。该法案要求美国国务院每年向国会提交报告，以研判香港自治地位是否仍满足1992年《香港政策法》的规定，并据此考虑香港是否应继续享有特殊待遇。
《香港人权和民主法案》被普遍看作是1992年《香港政策法》的加强版。《香港政策法》并不具备惩罚机制，即使美国认为香港失去了自治地位，也只能依据《香港政策法》取消针对香港的特殊待遇。而实行《香港人权和民主法案》后，美国将获得实施制裁的法律依据，比如对践踏香港自治地位、人权和民主的相关人士美方可以采取冻结其在美财产和禁止入境等制裁措施。